染色体被组织成调节遗传信息处理的环,这些环被凝缩蛋白和黏附蛋白等 SMC 蛋白复合物挤出。DNA结合蛋白 CTCF 对于沿基因组的环定位至关重要,其方向决定环边界。以前,人们认为 CTCF 和粘连蛋白之间的相互作用很简单,但新的研究表明 DNA 张力起着重要作用。当 DNA 处于紧张状态时,CTCF 充当屏障,根据当地情况允许或阻止内聚蛋白通过。这种错综复杂的相互作用,其中 cohesin 在遇到 CTCF 时可以停止、继续、转向或溶解,科学家们仍在探索这种相互作用。
Cohesin环DNA
一个多世纪以来,人们就知道细胞核中的长 DNA 链整齐地折叠成染色体的特征形状,类似于洗瓶刷,为细胞分裂做准备。而且在分裂之间,染色体被组织成环,这对于调节遗传信息的处理很重要。2018 年,Dekker 和他的团队率先可视化了 SMC 蛋白复合物(如凝缩蛋白和粘附蛋白)如何在 DNA 中挤出环。
CTCF 标志有一个方向并确定循环的开始和结束位置……
DNA 结合蛋白 CTCF 被发现在沿着基因组定位环中起着关键作用。Dekker:“如果你把 DNA 想象成一根绳子,CTCF 标志固定在绳索上的两个点上,cohesin 从一个标志到另一个标志形成环,但前提是 CTCF 的方向正确。只有 CTCF 蛋白的一侧能够与 cohesin 相互作用。话又说回来,它并不总是这样做,因为我们认为 CTCF 也会经常失败。但现在我们已经测量过了。事实证明,这两种蛋白质之间的相互作用比我们预测的要微妙得多。”
CTCF 和 cohesin 共同建立环边界已经成为该领域的基本知识,博士候选人 Roman Barth 说:“在过去一年我参加的每一次会议演讲中,基本前提是 cohesin 复合物在正确定向的 CTCF 之间挤出环路分子。但是没有人详细了解这是如何发生的。我们现在已经能够想象这件事的本质。”
……而 DNA 张力在其中起着令人惊讶的作用
维也纳分子病理学研究所 Jan-Michael Peters 小组的同事成功地以纯净形式提供了蛋白质。DNA分子的两端附着在一个表面上;DNA 和蛋白质用荧光染料染色。Dekker 解释说,研究人员随后有了一个不同寻常的发现。“在数据中,罗曼发现 DNA 链是非常松散还是处于紧张状态都会产生影响。没有张力,cohesin 通常会忽略 CTCF 标志,即使方向正确,但当 DNA 处于更大张力时,CTCF 会充当完美的屏障。因此,在 DNA 张力的影响下,CTCF 就像一个智能红绿灯,根据当地的交通情况,让 cohesin 通过或不通过。”